Τον Μάιο του 1944 η ΣΝΟΦ διαλύθηκε από τον Εθνικό Απελευθερωτικό Στρατό καθώς, αντίθετα με τις αρχικές προσδοκίες, αποτελούσε όργανο αυτονομιστικής προπαγάνδας.

Μια ένοπλη ομάδα της με αρχηγό τον Ναούμ Πέιο (Πέγιο) διέφυγε στη Γιουγκοσλαβία, όπου τους υποδέχτηκε ο υπουργός της Σερβικής Μακεδονίας Ντεάν, ο οποίος πρωτοστατούσε σε αυτές τις κινήσεις